杭州市儿童医院是由杭州市政府全额投资新建的一所市属非营利性公立医院，经省卫生厅批准，按三级甲等儿童医院建设，目前核定编制560人，核定床位500张。

医院于2009年1月20日开张试运行；2012年7月市六医院整体搬迁，医院正式独立运行；2014年9月，医院综合大楼装修改造工程完工，病房床位增至500张；同年11月，病房、门急诊陆续迁入新综合大楼，一个崭新的、极富儿童特色的儿童医院已呈现在杭州百姓面前。

目前已开设普内科、普外科、感染科、新生儿科、眼科、儿童保健科、中医科、皮肤科、耳鼻喉科、口腔科等临床科室，日门诊量已达到1800余人次，目前开放病房床位220张，床位使用率超过100%。

医院感染科现为杭州市医学重点学科，无论门诊还是住院规模、无论医疗技术还是服务品质均已达到国内领先水平，手足口病更是成为省内重症定点诊治医院。

新生儿科、小儿外科为重点发展学科，硬件设施及人才建设都得到了较快的发展。

同时，医院承担了省科技厅、省卫生厅、市科技局和市卫生局等多项课题，承接多家高等医学院校教学任务。