我院前身系川东军区直属医院，1955年改为陆军第49医院并奉命进藏，1962年整编为西藏军区总医院并迁入现址。

医院占地46万余平方米，共有工作人员1000余人。

医院设有机关4个部、44个临床医技科室，有国家中藏西医结合高原病重点专科、全军高山病中心、全军高原战创伤救治中心、全军心理卫生服务中心、全军高原先心病防治中心、中国人民解放军拉萨血站、西藏自治区医学重点实验室，是第三军医大学、西藏大学和西藏民族学院临床学院的教学医院。

医院展开床位1370张，年门诊量近14万余人次，住院人次达2.2万余人次。

医院仪器设备总值从1996年的600多万元增加到现在的2.2亿,拥有PET-CT、核磁共振、螺旋CT、PRK、DSA、彩超等大型医疗设备，医院现有1个博士后科研工作站、1个博士培养点、2个硕士培养点，是集医疗、科研、教学、保健和平战卫勤保障为一体的“三甲”医院。

我院地处西藏艰苦边远地区，但我们仍然利用西藏的优势开展了一些卓有成效的工作，受到了上级单位和领导的好评。

医院先后3次被评为全国民族团结进步模范单位，2次被评为全军为部队服务先进医院，2次被评为成都军区科技工作先进单位，4次被表彰为人才建设标兵单位，7次被评为成都军区园林式营院、全军环境保护和绿化工作先进单位，14次被西藏自治区、西藏军区、拉萨市评为“民族团结进步先进集体”和“双拥”工作先进单位；2002年、2008年，医院两次作为民族团结先进典型在全国进行广泛宣传。

2010年8月，医院被中央军委记集体二等功，医院赴玉树抗震救灾医疗队被国务院、中央军委授予“抗震救灾英雄集体”称号。

护理部主任万琪同志曾荣获国际红十字会“南丁格尔奖”，并荣立一等功。

2013年8月，医院“勤俭建院、节约惠民”先进事迹在全国、全军进行广泛宣传。

2013年10月，李素芝院长被中央军委授予“雪域高原好军医”荣誉称号。