上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身"伯特利医院"创建于1920年。

1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称"九院"），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。

九院是一所以口腔、整复外科和骨科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。