南京医科大学第二附属医院（又名南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院），是南京医科大学直属临床教学医院，是卫生部全科医师培训基地、卫生部消化内镜诊疗培训基地、卫生部妇科四级腔镜诊疗培训基地以及国家药物临床试验机构（12个专业）。

医院的前身是南京市第四医院，1980年南京医学院花500万从南京市卫生局购买成为南京医学院第二附属医院，南京医学院附属儿童医院，后随南京医科大学的改名，改为南京医科大学第二附属医院，2007年单设南京医科大学第二临床医学院。

2007年托管南京市第三医院（原南京铁路医院），成立南京医科大学第二附属医院东院。

2009年成为三级甲等综合医院。

医院共占地37360平方米，建筑面积82044平方米，开放床位1200张，年门诊量80万人次，出院病人3.8万人次。

医院职工人数1955人，其中卫技人员1675人，高级职称287人，中级职称540人，博士生导师6人，硕士生导师53人，教授10人，副教授42人，享受国务院政府特殊津贴专家8人；江苏省“突贡”人才2人，“双创”人才3名，特聘教授1人，“333工程”技术带头人13人，“六大人才高峰”项目资助11人，“兴卫工程”重点学科1项（共建）、领军人才（创新团队）3人、重点人才4人（2名共建）。

自2007年3月，托管南京市三院（南原京铁路医院）成立东院后，医院拥有两个院区。

医院先后将儿科、妇产科、肾脏内科、眼科等整建制搬迁至东院，本部重点发展消化科、普外科、全科医学等，初步形成本部以“大专科、大综合”、东院以“大专科、小综合”为特色的医疗格局，2009年成功创建成为“三甲”医院。

医院设有35个临床科室，15个教研室，消化内科、妇产科、肾脏内科、神经内科、老年医学科为江苏省级临床重点专科，儿科、内分泌科、普外科、肿瘤科为临床重点专科建设单位。

近五年，医院主要业务指标持续保持30%的增长，从2005年至2010年，业务收入由1.5亿元增长到6亿元，门急诊量由30万人次增长到80万人次，住院病人由1.2万人次增长到3.3万人次；国家自然科学基金项目由零突破至14项，SCI论文由几篇到60余篇。

医院有医技科室20余个，其中放射科、物理诊断科、放疗科、检验科、病理科人才济济、设施齐全，拥有一批先进的医疗仪器设备，如核磁共振、64排CT、科研型螺旋CT、直线加速器、癫痫刀、激光碎石机、DSA、ECT、PACS系统、彩色超声仪、彩色经颅多普勒血流仪、24小时动态心电图、自动十二导心电图机、全自动生化分析仪、全自动电化学免疫发光仪、肿瘤超声聚焦刀、热疗仪等。

可开展肿瘤的常规放射治疗、介入治疗、立体定向适形放疗（X-刀），能够满足全身各个器官的诊断，开展各种类型的化验诊断。

医院坚持“要让病人满意，先让职工满意；态度决定一切，细节决定成败”的管理理念；坚持“服务病人、满意病人、感动病人”的服务理念；坚持“2007-2015三个三年”的医院发展战略，医院正在积极建设一幢约5万平方米的医学综合楼，全面提升医、教、研各方面水平，努力将医院建成省属大型教学型综合性医院。