哈尔滨市中医医院始建于1957年，经过60年的艰苦创业，现已发展成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的三级甲等医院和全国示范中医医院，同时还被确定为黑龙江省中医药学会小儿推拿专业委员会主任委员单位，黑龙江中医药大学第三临床医学院。

黑龙江省肛肠学会、哈尔滨市肛肠学会和哈尔滨市中医传统手法按摩学会等机构也设置在我院。

目前，医院占地面积2.1万平方米，建筑面积3.3万平方米，业务用房面积2.8万平方米。

院内建有门诊楼、医技楼、13层住院楼、9层重点专科楼、制剂楼，院外领办爱建社区卫生服务中心，设立道外分院。

编制床位780张。

设临床科室16个，医技科室11个，临床分科32个，专家专病门诊39个。

具备国医大师1人，国家级名医1人、黑龙江省名中医11人，哈尔滨市名中医3人，哈尔滨市德艺双馨名医1人，博士7人，硕士117人。

医院突出发挥中医特色优势，实行“大专科、小综合”的发展战略。

2010年，建筑面积5550平方米的全国重点专科楼竣工并投入使用，标志着哈尔滨市中医医院走在了国家重点专科的行列，医院发展迈入了一个新的历史阶段。

现医院具有国家临床重点专科1个：肛肠科；国家中医药管理局重点专科4个：肛肠科、脑病科、肾病科、心血管科；小儿斜颈科被确定为国家中医药管理局小儿斜颈协作组组长单位，完善了国家“小儿斜颈病”临床路径及诊疗方案，并荣获“全国小儿推拿行业2012年度标兵单位”、“2013年度全国推拿技术行业奖”荣誉称号;开辟独立的治疗区域，成立了“俄罗斯小儿脑瘫治疗康复中心”，标志着我省首家俄罗斯脑瘫患儿门诊治疗中心在我院正式开诊。

2017年9月小儿脑瘫治疗康复中心成功中标哈尔滨市采购中心脑瘫儿童定点康复机构项目，为服务广大脑瘫患儿提供了更广阔的平台。