黔东南州民族医药研究所成立于1984年，至今主要从事苗医药侗医药的发掘、整理、总结、提高工作，编撰出版了《苗族药物集》《苗族医学》《侗族药物图鉴》《侗族药物方剂学》等书籍，研发了瑶族药物1个，建立了黔东南州苗族药物侗族药物标本馆。

2009年后，黔东南州苗医药侗医药的发展进入了提高临床水平和科学水平的阶段。

在州政府、州卫生局的重视下，2010年黔东南州民族医药研究所建立了全国唯一一所公立、公益的“苗医医院”，被国家中医药管理局列为“十二五”时期国家重点民族医医院建设单位，2013年经考核，评定为二级甲等民族医医院。

该医院占地面积1600平方米，医疗用房约6000平方米；全院现有职工157人，其中卫技人员135人（正高1人，副高14人，中级24人，初级96人），民族民间医师6名；医院设有针灸科、骨伤科、风湿病科、治未病•康复科、肺病科、急诊科、内科门诊、骨伤科门诊、咳嗽病专病门诊、蜂疗科、妇科门诊、民医堂、药剂科、化验室、B超室、放射室等临床科室及科研实验室，有飞利浦彩超、西门子全生化分析仪、CR影像机及中医诊疗设备等医疗设备。

医院坚持以苗医药特色立院、科研兴院、人才强院的战略方针，注重保护和传承苗医药、侗医药非物质文化遗产，注重苗医药侗医药与中医学、现代医学的结合，充分发挥苗医药、侗医药使用来自于当地自然环境中的天然药物，在治疗与当地自然环境以及生产、生活方式相关的疾病疗效独特，安全性较高的优势以及在预防保健中的优势，受到病员及社会的好评。

黔东南州民族医药研究院承担了国家卫生部、贵州省优秀科技教育人才省长专项资金、贵州省科技厅、贵州省卫生厅科研课题，获得过贵州省人民政府、贵州省医学会、黔东南州人民政府科技进步奖10余项，发表学术论文50余篇。