为马鞍山市政府举办的一所集医疗、预防、康复、教学、科研为一体的三级甲等综合性中医医院，始建于1978年，由当时一所只有几十名职工、条件极其简陋的街道医院(四新医院)改建而来。

2008年，马鞍山市启动实施以“管办分开、资源整合”为特点的公立医院改革工作，组建了马鞍山市市立医疗集团，市中医院与市人民医院、市妇幼保健院、市传染病院一起，成为市立医疗集团分支机构。

2008年市立医疗集团成立之前，由于基础条件不好、地理位置受限等多种原因，市中医院与市内其他市级医院相比，发展较为滞后、运行较为困难，甚至出现生存危机。

公立医院改革启动之后，在省中医药管理局的亲切指导、市委市政府的大力扶持和市卫生局等有关部门的积极支持下，通过市立医疗集团实施集团内资源整合、建设新的市中医院南院、推进管理体制和运行机制改革、落实中医药扶持倾斜政策、培育中医重点专科专病、开展中医药特色优势服务项目等举措，市中医院各项建设获得快速发展，医疗业务大幅增长，医疗质量持续改进，经济运行步入正轨，学科建设成果丰硕，群众满意度和社会影响不断提升，医院改革取得显著成效。

目前医院编制床位480张，实际开放床位415张，分南院、北院两个院区经营服务。

北院区为医院老院址，位于花山区幸福路61号，占地面积6067平方米(合9.1亩)，房屋建筑面积12706平方米；南院区为医院新院址，是医院今后发展主体，位于市开发区湖西南路152号，占地面积41732平方米(合69.2亩)，现已建成投入使用房屋建筑面积25109平方米。

医院现合计占地面积47799平方米(约合78.3亩)、房屋建筑面积37785平方米。