医院始建于1923年，其前身为爱群医院，1954年10月改建为北海市中医院，是两广地区最早建立的中医医院之一。

现成为集医疗、教学、科研、预防、保健、养生于一体的三级甲等中医医院，也是广西中医学院教学医院。

医院先后获得广东省特等卫生先进单位、广东省文教卫生群英大会先进单位、广西爱国卫生先进单位、广西区文明单位、北海市文明庭院、北海市绿色环保医院、全国中医医院总务后勤管理先进单位、广西价格诚信单位等荣誉称号。