北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资建成的集医疗、教学、科研和预防为一体的现代化三级综合性医院。

医院坐落在美丽的莲花山畔，占地面积5.9万平方米，总建筑面积21.2万平方米。

医院于1999年底建成开业，2000年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学签署合作协议，首开我国院-校紧密型合作办医的先河，成立深圳北京大学香港科技大学医学中心，将医院纳入北京大学附属医院管理体系。

2001年3月医院正式更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，成为北京大学首家异地合作办医的医疗机构，开展了优势互补，双赢发展的有益探索。

2011年，被评为三级甲等医院。

医院开设53个临床医技科室，其中国家级合作重点学科1个（泌尿外科，与北京大学泌尿外科研究所合作共建），省级重点实验室1个（男性生殖与遗传实验室），省级临床重点专科8个（重症医学科、骨科、泌尿外科、肾内科、内分泌科、皮肤性病科、医学影像科、医学检验科）。

医院还设有国家级培训基地3个，其中腔镜培训基地2个，妇科培训基地1个。

作为临床医学院，医院设立了内、外、妇、儿等二级教研室23个，三级教研室27个。

年接收北京大学本科、研究生、临床实习生60多名，其他实习、进修人员100多名。

拥有博士后科研工作站1个，博士培养点5个，硕士培养点37个，共有硕士、博士生导师102名。

近5年，累计获得科研立项470余项，其中国家自然科学基金24项，省部级科研立项28项，厅局级科研立项418项；累计发表论文2100余篇，其中SCI收录论文224篇；获各级奖励10余项，其中教育部自然科学二等奖1项，广东省自然科学一等奖1项，广东省科技三等奖2项。

获授权专利197项。

2016年底，医院编制病床1600张，实际开放床位1406张，职工2397名，其中博士186名、硕士404名，硕士研究生以上学历人员占员工总数的24.6%，有海外留学经历人员100多名。

2016年医院年门急诊总量约299万人次，年出院病人近5.9万人次，年手术量3.8万台次。

医院与北京大学、香港科技大学在技术和学术方面展开了广泛的交流与合作，逐步拓展对外交流渠道。

医院与日本东京癌研有明病院、日本独协医科大学病院、南加州大学洛杉矶儿童医院建立了姊妹医院关系，并与国际知名的美国休斯顿医学中心、华盛顿大学医学中心、麻省总医院、加利弗尼亚大学旧金山医学中心和法国尼斯医学中心建立了密切的交流合作关系，并多次互访增进合作。

“仁心仁术，博学博爱”。