1866年，美国圣公会传教士汤蔼礼牧师与华人牧师吴虹玉共同创立了"同仁医局"，便是今天上海市同仁医院的前身。

作为上海开埠以来最早的西医院之一，百余年来，秉承"同心同德，仁怀仁术"的医院精神，始终致力于医学事业的发展与人民健康的保障。

19世纪末开展本市第一例眼科手术、卵巢切除术，20世纪初即装备了现代化手术室、第一台救护车和先进的X光设备，上世纪70年代研制出中国第一台彩色电视胃镜......同仁医院在现代西医学研究与祖国医学弘扬与推广等方面所奠定的基础和取得的成就曾为世人所瞩目。

随着医疗体制改革的深入和上海新一轮医疗布局的调整，2013年12月8日，走过百年风雨历程的同仁在长宁区人民政府和上海交通大学医学院的大力支持下，整合区域内两家综合性医疗机构的全部优质资源，成立"上海交通大学医学院附属同仁医院"，让百年老院焕发出全新的生命力。

今天的同仁医院，分仙霞路、愚园路两个院区，占地面积61亩，至2016年建筑面积将达13万平方米，核定床位1200张，年平均门急诊人次230万，住院人次超过4万，手术人次大于2万。

除保留了原有的消化内科、肿瘤科、骨科、心血管内科、介入诊疗科、内窥镜室、影像科等市重点学科与特色专科外，还逐步形成了以消化道疾病、代谢性疾病、神经系统疾病、肿瘤性疾病诊疗为特色的学科群，拥有具备高级职称的专家145名，硕博士以上学位人员158名，是区域医疗、预防、保健中心，承担着区域危、急、重疾病抢救和重大传染病防控的主体任务。

医院与上海交通大学医学院合作建立虹桥国际医学研究院，目前已入驻10个PI团队，旨在组建高水平科研平台和转化医学研究中心，推动医院医疗与科研水平的提高。

2014年申报国家自然科学基金20项，发表SCI论文近80篇。

医院早在1896年，就已经作为圣约翰书院医学院（上海交通大学医学院前身）的实习医院，于上世纪初建立了中国最早的护士学校。

目前，医院还是包括上海第二军医大学在内的国内多家医学院校的教学医院，为各级医院输送了大批优秀的医学毕业生。

未来两到三年，上海市同仁医院将充分发挥自身的历史品牌优势，以及身处全国文明城区，毗邻虹桥开发区、古北新区、虹桥交通枢纽的区位优势，努力建设成集医疗、预防、教学、科研、康复于一体的人文、智能、绿色的现代化三级综合性医院，以"一流管理、一流技术、一流设备、一流服务"的发展目标，为上海西区及周边省市人群提供更高效、优质、便捷的医疗服务。